V červenci 2018 dostala poprvé v polistopadové historii důvěru vláda vedená obviněným premiérem. Nikdy předtím nevyšetřoval člena české vlády Evropský úřad pro boj proti podvodům OLAF. Dnes je na rozdíl od minulosti myslitelné politicky ustát trestní stíhání kvůli podezření z padesátimilionového dotačního podvodu.
Kauza Čapí hnízdo začala podáním trestního oznámení v listopadu 2015. Policie v září 2017 požádala poslance o vydání Andreje Babiše a Jaroslava Faltýnka ke stíhání. Podruhé je sněmovna vydala v lednu 2018. Počet původně jedenácti obviněných se časem zúžil na dva: Andreje Babiše a manažerku Čapího hnízda Janu Mayerovou.
Podstata kauzy spočívá v podezření z podvodu, když byla krátce před podáním žádosti o dotaci v roce 2008 z holdingu Agrofert účelově vyčleněna firma ZZN Agro Pelhřimov a proměnila se ve společnost Farma Čapí hnízdo. Jinak by neměla nárok na unijní dotaci pro malé a střední podniky limitovanou částkou 50 milionů korun.
Podle týmu vyšetřovatelů vedených Pavlem Nevtípilem bylo vlastnictví farmy zastřeno anonymními akciemi, které získali Babišova dcera Adriana Bobeková, jeho syn Andrej a partnerka Monika. Zaplatil je ovšem Andrej Babiš starší.
Propojení Farmy Čapí hnízdo s mateřským Agrofertem prokázalo v závěrečné zprávě v prosinci 2017 i vyšetřování evropského úřadu OLAF. Agrofert poskytl úvěrové záruky na výstavbu Čapího hnízda v celkové výši 455 milionů korun, což nesvědčí o malém podniku. Banka HBSC dobře věděla, kdo za farmou ve skutečnosti stojí.
Babišova společnost Imoba, která vlastnila pozemky areálu a po pěti letech požadovaných pravidly pro udělení dotace v roce 2014 farmu převzala, poskytla zajištění úvěru svým nemovitým majetkem. Dělala většinu přípravných prací projektu.
Faktickou dominantní obchodní oblastí Farmy Čapí hnízdo byly předražené reklamní služby v objemu 272 milionů korun účtované výhradně desítkám firem skupiny Agrofert. To jí umožňovalo splácet úvěry a platit mzdy.
Obrat ve vyšetřování
Po nástupu vlády Andreje Babiše zesilovaly politické tlaky na vyšetřování, což se projevilo čistkami v bezpečnostních složkách. Přesto se komisař Nevtípil nenechal zastrašit a v dubnu 2019 podal návrhy na obžaloby šesti obviněných.
Vzápětí za nejasných okolností rezignoval ministr spravedlnosti Jan Kněžínek. Nahradila ho Marie Benešová, která se v minulosti – podobně jako Babiš – netajila skepsí, že je Čapí hnízdo zinscenované. Krátce poté dozorový žalobce Jaroslav Šaroch změnil právní názor a zastavil stíhání všech obviněných.
Nejvyšší státní zástupce Pavel Zeman 4. prosince 2019 obnovil trestní stíhání Andreje Babiše a Jany Mayerové. Zároveň se však neztotožnil s důkazy pro obžalobu a uložil jejich doplnění, i když jich policie shromáždila dostatek a mohl rozhodnout nezávislý soud. Doplňování důkazů je náročné a termín jeho ukončení byl stále produžován.
V kuloárech se hovořilo o tom, že se tak Pavel Zeman a Lenka Bradáčová drželi v šachu s premiérem Babišem, jelikož jim ze strany ministryně Benešové hrozilo odvolání a oslabení vlivu státních zástupců novelou zákona o státním zastupitelství.
Na podzim 2022 začal ostře sledovaný soudní proces, ve kterém vypovídal i Babišův syn.
