V prosinci 2014 se Finanční úřad v Chemnitz obrátil na Generální finanční ředitelství s podezřením na daňové úniky dceřiné firmy Agrofert Deutschland. V roce 2012 zaplatila 8,75 milionu korun za reklamní práce české společnosti Farma Čapí hnízdo, podnikající v oboru pohostinství a cestovním ruchu.
Smlouva byla uzavřena na propagační práce, zahrnující instalaci reklamních nosičů na Čapím hnízdě a jeho okolí, provoz webových stránek, výrobu tiskovin, vysílání televizní reklamy v areálu farmy a poradenství zákazníkům. Německý úřad měl o této smlouvě kvůli objednávce podezřele rozsáhlé reklamy pochybnosti, a proto ji poslal k prošetření svému českému protějšku, jak mu ukládá směrnice EU.
Finanční úřad pro Prahu 1 zahájil daňové řízení, jehož výsledkem nebylo ani doměření daně, ani podnět policejním orgánům. Kauza byla v tichosti zametena pod koberec v době, kdy úřadoval ředitel Finanční správy Martiin Janeček, dosazený tehdejším ministrem financí Andrejem Babišem. Jeho současná nástupkyně Alena Schillerová tehdy ve Finanční správě řídila Odbor právního a daňového procesu, a krátce poté povýšila na post Babišovy náměstkyně.
Teprve vyšetřování kauzy Čapí hnízdo odhalilo podezření z daňových úniků Agrofertu, potvrzené i evropským úřadem OLAF v prosinci 2017. Celkem 27 domácích i zahraničních firem výlučně z Babišova holdingu si v letech 2009 – 2013 přes Farmu Čapí hnízdo objednalo reklamní práce v astronomické výši 272 milionů korun.
Nesrovnalosti v hospodaření farmy vyplynuly ze znaleckého posudku, který si nechal zpracovat tým vyšetřovatelů vedených Pavlem Nevtípilem. Podle tohoto posudku postrádala propagace Agrofertu v areálu Čapího hnízda elementární význam.
Příjmy z neodůvodněně objemné reklamy tvořily v průměru 83 procent ročních příjmů ztrátové farmy, které jí umožňovaly pokrýt nejen provozní a mzdové náklady, ale i splátky obřích úvěrů v celkové výši 455 milionů korun jištěných Agrofertem na výstavbu a rekonstrukci areálu.
Dvojí metr Finanční správy
Policie až poté zahájila vyšetřování s podezřením, že si Agrofert přes nadhodnocenou či fiktivní reklamu uměle zvyšoval firemní náklady, aby tak ušetřil až 50 milionů korun na daních. Trik krátit daně přes fiktivní reklamu je přitom poměrně běžný a finančním úřadům dobře známý.
Dokonce vyšlo najevo, že 36 milionů korun bylo Farmě Čapí hnízdo proplaceno za propagaci ještě před otevřením areálu v průběhu dokončovacích stavebních prácí.
Například 12,6 milionu korun fakturovala německá dceřiná firma SKW Piesteritz, která dodává chemické produkty na německý trh, a reklama v odlehlých Olbramovicích pro ni nedávala žádný smysl. Tím se zvyšuje podezření, že šlo jen o formálně vykázané faktury za práce, které nebyly provedeny.
V této souvislosti je zarážející nečinnost Janečkovy Finanční správy, jež byla v ostrém kontrastu s tím, jak horlivě postupovala proti mnoha firmám při sebemenším podezření z daňových úniků, které se často u soudů neprokázaly. Dnes je už tento případ daňově promlčený, ale v případě pravomocného rozsudku může být daň doměřena.